W 1264 roku na wschód od Starego Miasta Torunia lokowano Nowe Miasto Toruń, o charakterze głównie rzemieślniczym. Najznamienitszą budowlą w południowo-wschodnim narożu Rynku Nowego Miasta był - i pozostaje do dziś - gotycki kościół pod wezwaniem świętego Jakuba Apostoła. Zbudowano go w układzie bazylikowym, stosując - i to w specyficznej odmianie - rzadko występującą na obszarze niżu nadbałtyckiego, formę bazyliki dwukondygnacyjnej, z galerią podokienną na piętrze. Cała literatura przedmiotu zgodnie przyznaje temu kościołowi wybitną rangę artystyczną. Wewnętrzna strona chóru należy do najpiękniejszych dzieł stworzonych w średniowiecznej architekturze ceglanej. Kościół ten posiada najbogatszą kreację architektury sakralnej na ziemiach byłego państwa krzyżackiego.

Kamień węgielny pod budowę kościoła położył biskup chełmiński Herman w roku 1309. Fakt ten utrwalono w majuskułowym napisie, obiegającym wnętrze prezbiterium, na dekoracyjnych glazurowanych cegłach, w kolorze żółtym i zielonym. W początkach XIV wieku powstało smukłe i eleganckie prezbiterium wraz z przyległą od północy zakrystią. W latach 1340 - 1345 ukończono budowę trójdzielnego korpusu nawowego, w którym ponad nawami bocznymi wyrasta wysoka i stosunkowo wąska nawa główna. Konstrukcję bryły nawowej dopełniają zewnętrzne łuki odporowe. System ten stosowany w Europie Zachodniej na ziemiach polskich występuje niezmiernie rzadko. Profile skarp i wnęk okiennych ozdobiono kolorową glazurą.

W 1343 roku (najprawdopodniej) patronat nad kościołem objęły cysterki, które z czasem przyjęły zakonną regułę benedyktynek i zostały włączone do ich zakonu.

W połowie XIV wieku zainstalowano w emporze prezbiterium pierwsze organy na terenie Polski północnej. W latach 1375 - 1390 wykonano na bocznych ścianach prezbiterium malowidła przedstawiające Apostołów - świętego Jakuba Starszego i świętego Filipa. Od 1359 roku do połowy XV wieku dobudowano po bokach korpusu kościoła dwa ciągi kaplic. Wówczas też podwyższono dachy nad bocznymi nawami, które zasłoniły łuki odporowe podtrzymujące nawę główną. Obecnie widoczny jest tylko jeden z łuków odporowych, biegnący nad dachem zakrystii. Wtedy też zamurowano dolne okna w nawie głównej, co spowodowało zaciemnienie wnętrza świątyni.

Pożar w 1391 roku poważnie uszkodził kościół. Odbudowano go do 1410 roku. Ale nowy żywioł ognia w 1455 roku zniszczył dachy kościoła wraz z hełmem wieży i dzwonami. Odbudowana, czterokondygnacyjna wieża jest bogato zdobiona ostrołucznymi blendami i podwójnymi oknami (biforiami). Wysoka wieża jest nieco szersza u góry niż w dolnych partiach. Nakryta jest podwójnym dachem, tzw. siodłowym, pokrytym czerwoną dachówką.